Il convento di San Francesco venne costruito dal 1276 sopra un piccolo tempietto eretto nel 783 in onore di San Miniato, per volontà dei longobardi.
Si narra che nel 1211 San Francesco, ospite a quel tempo a San Miniato, ricevette in dono questo luogo e qui decise di fondare il suo convento. I primi lavori riguardarono la chiesa e degli ambienti a uso di convento e sagrestia. In seguito, dalla prima metà del 500, vennero costruiti una parte abitativa sopra il chiostro annesso alla grande chiesa, il vecchio refettorio (che poi divenne una palestra) e una cappella dedicata a Ludovico d’Angiò. Intorno al primo chiostro, detto dei “padri”, vennero costruiti celle, corridoi e l’ampio refettorio sulla cui parete di fondo si staglia la “Cena Francescana” del pittore Carlo Bambocci (1690). Il secondo chiostro, detto dei “novizi”, fu invece costruito verso la fine del 1600.
Nei secoli successivi la comunità si impoverì, la cappella a Ludovico si trasformò in un frantoio e durante le guerre i locali vennero anche utilizzati per scopi militari e sanitari. Il convento fu anche chiuso per alcuni periodi ma poi restituito ai frati grazie anche all’intervento popolare.
Adesso il convento è gestito dall’associazione cristiana Nuovi orizzonti fondata da Chiara Amirante.