Ponte d’Arbia è documentata fin dal primo Medioevo poiché si trova lungo il tragitto l’antica Via Francigena. In particolare nell’itinerario di Sigerico, arcivescovo di Canterbury, la località rappresentava la XIV tappa (Submansio) ed era allora definita Arbia.
Il 24 agosto 1313, a meno di un chilometro dal paese, muore Enrico VII di Lussemburgo, imperatore del Sacro Romano Impero, di cui parla anche Dante nella Divina Commedia. L’imperatore, secondo fonti storiche, sarebbe stato avvelenato durante la comunione da un frate del convento di Buonconvento.
Il ponte attuale che dà il nome al paese fu edificato dal Comune di Siena nel 1388, e ricostruito nel 1656 sotto il principe Mattia de’ Medici, governatore di Siena
